试剂盒及其用途

liukai · 发表于 2022-9-29 09:57:56

　　1. 一种试剂盒，其包含探针，所述探针固定在固相基质上或者所述探针游离于溶液中，所述探针能够特异性识别表1里的60个基因中的至少10个基因的基因区域；任选地，所述探针能够覆盖所述60个基因中的至少20个基因的基因区域；任选地，所述探针能够覆盖所述60个基因中的至少30个基因的基因区域；任选地，所述探针能够覆盖所述60个基因中的至少40个基因的基因区域；任选地，所述探针能够覆盖所述60个基因中的至少50个基因的基因区域；任选地，所述探针能够覆盖所述60个基因的基因区域；任选地，所述探针的长度为25-300nt。生化试剂盒的具体问题可以到我们网站了解一下，也有业内领域专业的客服为您解答问题，值得您的信赖！

　　2. 权利要求1的试剂盒，其特征在于，所述探针的获得包括，获得初始探针集以及筛选所述初始探针集。

　　3. 权利要求2的试剂盒，其特征在于，所述获得初始探针集包括：确定所述基因区域的参考序列，从所述参考序列的一端开始，在所述参考序列上依次获取DNA片段直至所述参考序列的另一端，其中，一条DNA片段为一条初始探针，全部所述DNA片段构成所述初始探针集，所述DNA片段之间完全重叠、部分重叠或完全不重叠，所述初始探针集能够覆盖所述基因区域至少一次。

　　4. 权利要求2的试剂盒，其特征在于，所述获取初始探针集包括：确定所述基因区域在参考基因组上的位置，获取所述基因区域的参考序列，从所述参考序列一端的第一个核苷酸开始拷贝所述参考序列获取第一条DNA片段，从所述参考序列一端的第二个核苷酸开始拷贝所述参考序列获取第二条DNA片段，从所述参考序列一端的第三个核苷酸开始拷贝所述参考序列获取第三条DNA片段，这样依次获取后续DNA片段直至第N条DNA片段的一端超出所述参考序列的另一端，其中，一条DNA片段为一条初始探针，全部所述DNA片段构成所述初始探针集，N为所述初始探针集中包含的初始探针的总数。

　　5. 权利要求3或4的试剂盒，其特征在于，所述筛选初始探针集包括：将所述DNA片段与所述参考序列比对，获得每一条DNA片段在参考序列上的比对次数，过滤掉比对次数超过1的DNA片段。

　　6. 权利要求5的试剂盒，其特征在于，所述筛选初始探针还包括，去除掉GC含量不在 35-70 % 的 DNA 片段。

　　7. 权利要求1-6任一试剂盒在获取结直肠癌相关基因序列中的用途。

　　8. 权利要求1-6任一试剂盒在结直肠癌早期筛查中的用途。

　　9. 一种构建目标区域测序文库的方法，其特征在于，包括： (a) 获取待测样本中的核酸，所述核酸由多个核酸片段组成，所述核酸片段来自断裂的基因组DNA和/或游离的DNA ; (b) 末端修复所述核酸片段，获得末端修复片段； (c) 加碱基A至所述末端修复片段的两端，获得粘性末端片段； (d) 连接接头于所述粘性末端片段的两端，获得接头连接片段； (e) 对所述接头连接片段进行第一扩增，获得第一扩增产物； (f) 利用权利要求1-6任一试剂盒对所述第一扩增产物进行捕获，获得所述目标区域；以及， (g) 对所述目标区域进行第二扩增，获得第二扩增产物，所述第二扩增产物构成所述目标区域测序文库；任选地，所述接头末端为T-粘性末端。

　　10. -种测序方法，其特征在于，包括：根据权利要求9的方法构建目标区域测序文库；对所述目标区域测序文库进行测序，获得测序数据，所述测序数据由多个读段组成；任选地，所述测序为双末端测序，所述测序数据由多对读段对组成。

　　11. 一种检测目标区域变异的方法，其特征在于，包括， (1) 利用权利要求10的方法，获得测序数据； (2) 基于所述测序数据，检测所述目标区域变异，获得变异位点信息，所述变异包括 SNP、InDel、SV 和 CNV 至少之一。

　　12. 权利要求11的方法，其特征在于，步骤（2)包括，将所述测序数据与参考序列进行第一比对，获得第一比对结果；将所述第一比对结果与所述参考序列的一部分进行第二比对，获得第二比对结果；基于所述第一比对结果和所述第二比对结果，同时检测所述目标区域中的SNP、InDel、 SV和CNV变异中的至少两种；其中，所述参考序列的一部分包括目标区域参考序列中的每个已知InDel位点，以及所述每个已知InDel位点上下游各lOOObp的参考序列；任选地，在所述第一比对之前，对所述测序数据进行过滤，所述过滤包括去除掉不确定碱基比例超过10%的读段和/或碱基质量值不大于5的碱基数的比例不小于50%的读段；任选地，在所述第二比对之前，去除掉第一比对结果中的一个读段对中的两个读段相同的读段对；任选地，所述参考序列为HG19 ; 任选地，所述第一比对为全局比对，所述第二比对为局部比对。

　　13. 权利要求11或12的方法，其特征在于，步骤（2)还包括，当所述变异位点中的至少之一满足以下，则判定所述待测样本为阳性样本：在阴性对照样本中的读段支持数少于2条和在阳性对照样本中的突变率大于1% ; 任选地，步骤（2)还包括，当所述变异位点中的至少之一满足以下，则判定所述待测样本为阳性样本：测序深度不小于10X，至少有3个读段的支持，在阴性对照样本中的读段支持数少于2条，在阳性对照样本中的突变率大于1%，以及变异位点的读段支持量与正常对照样本相同位点的读段支持量具有显著差异。

　　14. 一种检测目标区域变异的装置，其特征在于，包括，数据获取单元，用于实现权利要求10的方法，获取所述目标区域的测序数据，所述测序数据由多个读段组成；检测单元，用于基于来自数据获取单元的测序数据，检测所述目标区域变异，获得变异位点信息，所述变异包括SNV、InDel、SV和CNV至少之一；任选地，所述检测单元包括第一比对子单元、第二比对子单元和变异识别子单元，所述第一比对子单元用以将来自数据获取单元的测序数据与参考序列进行第一比对，获得第一比对结果，所述第二比对子单元用以将来自所述第一比对子单元的第一比对结果与所述参考序列的一部分进行第二比对，获得第二比对结果，所述变异识别子单元用以基于来自所述第一比对子单元的第一比对结果和来自所述第二比对子单元的第二比对结果，同时检测所述目标区域中的SNV、InDel、SV和CNV变异中的至少两种，获得变异位点信息，其中，所述参考序列的一部分包括目标区域参考序列中的每个已知InDel位点，以及所述每个已知InDel位点上下游各lOOObp的参考序列；任选地，所述检测单元还包括第一过滤子单元，所述第一过滤子单元与所述第一比对子单元连接，用于在所述测序数据进入所述第一比对子单元之前，对所述测序数据进行过滤，所述过滤包括去除掉不确定碱基比例超过10%的读段和/或碱基质量值不大于5的碱基数的比例不小于50 %的读段；任选地，所述检测单元还包括第二过滤子单元，所述第二过滤子单元分别与所述第一比对子单元和所述第二比对子单元连接，用于在所述第一比对结果进入所述第二比对子单元之前，去除掉来自所述第一比对子单元的第一比对结果中的一个读段对中的两个读段相同的读段对；任选地，所述参考序列为HG19 ; 任选地，所述第一比对单元中的第一比对为全局比对，所述第二比对子单元中的第二比对为局部比对；任选地，所述检测单元还包括判定子单元，所述判定子单元用以判定来自所述变异识别子单元中的变异位点是否满足以下，当所述变异位点中的至少一个满足以下则判定所述待测样本为阳性样本：在阴性对照样本中的读段支持数少于2条和在阳性对照样本中的突变率大于1% ; 任选地，所述检测单元还包括判定子单元，所述判定子单元用以判定来自所述变异识别子单元中的变异位点是否满足以下，当所述变异位点中的至少一个满足以下则判定所述待测样本为阳性样本：测序深度不小于10X，至少有3个读段的支持，在阴性对照样本中的读段支持数少于2条，在阳性对照样本中的突变率大于1%，以及变异位点的读段支持量与正常对照样本相同位点的读段支持量具有显著差异。